C'est en 1083 qu'une communauté de chanoines augustiniens fonde le prieuré Santa Maria del Vilar, au pied des Albères. Elle achète un lieu-dit appelé Vilari constitué d'une enceinte fortifiée (du VIIIe siècle) dotée d'une église à l'intérieur. Dès lors, ils bâtiront une nouvelle église et le cloître, et orneront l'abside principale de fresques sublimes. Cette communauté occupera les lieux jusqu'en 1535, date à laquelle ses membres seront sécularisés. Ils quitteront alors le prieuré qu'ils ont occupé pendant presque cinq siècles. En 1802, les bâtiments sont vendus à un cultivateur à usage agricole. L'église devient écurie, la salle hospitalière, porcherie. L'endroit sera laissé à l'abandon en 1942 et se verra très vite enseveli sous une végétation luxuriante.
L'ensemble est acheté en 1993 par une aveyronnaise, Lucette Triadou. Elle soulève une centaine de bénévoles qui se mettent au travail, encadrés par une équipe spécialisée en bâtiment: architecte, archéologue etc., le tout sous l'égide des Monuments Historiques. Les travaux ont été terminés en 2004 et le site du Vilar reçoit des visiteurs chaque jour de l'année.
A partir de l'octobre 2005, une communauté monacale orthodoxe roumaine habite le prieuré et continue la prière de moines qui ont vécu ici.
